A kápolna – Révész István dunakeszi plébános kezdeményezésére – a 1905–1906-ban épült az alagi hívek számára. A Cziráky, az Almássy és a Pejacsevich családok alapítványt tettek a kápolna és a mellette emelt, a lovászfiúk nevelését szolgáló elemi iskola felépítésére és fenntartására.
A második világháború után itt állomásozó szovjet hadsereg a nyári istállókban – illegálisan – lőporraktárt alakított ki, amely 1952. szeptember 8-án felrobbant. A Nepomuki Szent János-kápolna és az egykori iskolaépületben eddigre már kialakított lelkészlakás hatalmas károkat szenvedett. A plébánia irattára és könyvtára is a tűz martalékává vált.
1995. szeptember 1-jén Tamás Győző lett a Szent Imre-plébánia vezetője, aki – a hívek támogatásával – a kápolna helyreállítását tűzte ki célul. A restaurációt 2001-ben és 2002-ben állami támogatással sikerült befejezni. A hívek adományaiból pedig színes üvegablakok és a bejárat fölé mozaik készült. Utóbbi, amely A tanító Krisztus címet viseli, Tölg-Molnár Zoltán és Bráda Tibor alkotása. A kápolna belsejében Nepomuki Szent János üvegablakon ábrázolt alakja mellett megtalálhatók Cziráky Johanna (gróf Pejacsevich Albertné), valamint gróf Beniczky István és gróf Waldeck Valéria emléktáblái.
